在miRNA研究领域,常常需验证miRNA与基因之间的靶向关系。miRNA借助其种子序列(5’端第2-8个碱基)靶向结合mRNA的3’UTR区域,进而诱导细胞内沉默复合体介导的mRNA降解或阻遏其翻译过程。基于这一原理,研究人员将目的基因的3'UTR区(或结合位点下游500bp)插入到荧光素酶报告基因载体下,随后与miRNA模拟物共同转染至目标细胞中,添加底物以监测荧光素酶活性的变化。如果荧光素酶活性出现下调,表明该miRNA与靶基因的3'UTR区域存在相互作用。
常用载体包括PGL3-CMV-LUC-MCS,双荧光素酶报告基因检测用于验证miRNA与靶基因的3'UTR相互作用,主要经过以下几个步骤:首先,通过生物信息学分析软件(如TargetScan、StarBase和miRanda等)对特定靶基因的3'-UTR序列进行分析,以确定是否存在miRNA结合位点。接着,将预测出来能与miRNA结合的靶基因3'-UTR序列插入到荧光素酶的3'-UTR中。当miRNA与质粒上的插入序列结合后,将会抑制荧光素酶的翻译,最终导致荧光信号的降级。
为进一步验证miRNA与靶基因的相互作用,实验步骤包括收集转染后的细胞样品,然后利用细胞裂解缓冲液提取细胞内物质,根据报告基因检测试剂盒的说明进行荧光素酶活性检测。荧光素酶的测定需要适当的仪器设置,并且需确保每次实验中样品的处理一致。
在研究中,常见的实验分组包括:
- mimics NC + 对照质粒 + 内参 (TK)
- mimics NC + 3'UTR野生型质粒 + 内参 (TK)
- mimics NC + 3'UTR突变型质粒 + 内参 (TK)
- mimics + 对照质粒 + 内参 (TK)
- mimics + 3'UTR野生型质粒 (WT) + 内参 (TK)
- mimics + 3'UTR突变型质粒 (MT) + 内参 (TK)
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